一、职能职责 

　　（一）贯彻落实国家和自治区相关法律法规，按照“保护为主、抢救第一、合理利用、加强管理”的文物工作方针，全面做好巴彦淖尔市区域范围内的文化遗产保护和管理，古文化遗址的发掘整理和研究。

　　（二）负责对不可移动文物进行田野调查、考古勘探，对民间流散文物进行调查、征集；负责文物资料的整理和信息采集，建立文物档案。

　　（三）配合本地区大型基本建设项目，开展文物调查、保护及抢救性发掘工作。负责文物研究，对发掘出土的文物及藏品进行修复、保养及研究，并为博物馆展览提供展品，为编制文物保护规划、保护方案提供相应的数据资料，申报文物保护方面相关项目并实施。

　　（四）监督、指导基层文物保护管理部门开展工作。

　　（五）配合当地公安、工商等有关部门严厉打击文物犯罪，完成上级部门交办的其他文物保护和研究工作。

二、内设机构

　　按照市编委2012年5月7日“五定”方案的批复，市考古研究所内设机构为7个，即：办公室、档案室、资料编辑室、保管部、文物考古研究一室、文物考古研究二室、文物保护研究室。